Sul lato occidentale dell’isola, nella zona di Epano Mili, degli scavi hanno portato alla luce oggetti risalenti alla prima fase della Civiltà Cicladica (3.000 a.C.). Più precisamente, in località Agrilià, sono state scoperte delle particolari tombe a cella, anche se il reperto più importante di Epano Mili è un vaso a forma di padella con su incisa una stella a nove punte, attualmente conservato presso il Museo Archeologico di Naxos.

Altri scavi sull’estremità meridionale delle coste orientali, hanno rinvenuto oggetti di epoca ellenistica e fino a quella romana.