Από τους πιο σημαντικούς αρχαιολογικούς χώρους του νησιού θεωρούνται οι τρεις πόλεις της αρχαίας Κοινοπολιτείας: η Μινώα, η Αρκεσίνη και η Αιγιάλη. Στην περιοχή της Αιγιάλης κοντά στο χωριό Θολάρια, βρίσκεται η αρχαία ακρόπολη στο ύψωμα Βίγλα, με ίχνη παλαιότερων εποχών. Στην Αρκεσίνη έχουν βρεθεί ερείπια πρωτοκυκλαδικής ακρόπολης και νεκροταφείου στο λόφο Καστέλλα, ενώ στο γειτονικό χωριό Βρούτση, στη θέση Καστρί, διακρίνεται αρχαία ακρόπολη με ισχυρό τείχος, ίχνη μεσοκυκλαδικής εγκατάστασης και βενετσιάνικης οχύρωσης.
Στα Κατάπολα, ένα από τα καλύτερα προστατευμένα φυσικά λιμάνια των Κυκλάδων, υπάρχουν τρεις οικισμοί (Κατάπολα, Ραχίδι, Ξυλοκερατίδι). Στην κορυφή του λόφου του λιμανιού σώζονται τα ερείπια της Μινώας με τμήματα ισχυρού τείχους, λείψανα σταδίου και γυμνασίου, καθώς και ναού του Διονύσου. Στα Κατάπολα έχει εντοπιστεί θολωτός μυκηναϊκός τάφος, ενώ και στο Ξυλοκερατίδι βρέθηκαν πρωτοκυκλαδικοί και μυκηναϊκοί τάφοι, καθώς και ίχνη οικισμού. Ολες αυτές οι θέσεις βρίσκονται πολύ κοντά σε σύγχρονους οικισμούς και είναι επισκέψιμες, αλλά όχι οργανωμένες σε αρχαιολογικούς χώρους.
Ιδιαίτερη αναφορά θα πρέπει να γίνει στην πρωτοκυκλαδική ακρόπολη της Μαρκιανής, με το ισχυρό τείχος και τους ενισχυτικούς πύργους, η οποία αντικατοπτρίζει την ανάπτυξή του νησιού την περίοδο αυτή. Τα ευρήματα από τις ανασκαφές εκτίθενται στην Αρχαιολογική Συλλογή της Χώρας.
Info
– Αναλυτικά στοιχεία για την αρχαία Μινώα θα βρείτε στο portal Οδυσσεύς του Υπουργείου Πολιτισμού