Οι ντόπιοι το ονομάζουν μονή της Κάτω Παναγιάς, σε αντιδιαστολή με την Ανω Παναγιά που είναι η Καλαμιώτισσα. Το καθολικό του μοναστηριού δεσπόζει πάνω από τον ναό του Απόλλωνα και μοιράζεται τον ίδιο περίβολο, πάνω στον οποίο αργότερα προστέθηκαν κελιά και παρεκκλήσια. Είναι μια μονόχωρη εκκλησία με τρούλο ενώ μεταγενέστερα στην δυτική του πρόσοψη προστέθηκε πολύτοξο καμπαναριό.
Εσωτερικά σώζεται ξυλόγλυπτο επιζωγραφισμένο τέμπλο του 19ου αι. Με εξαίρεση την παλαιότερη εικόνα της Καλαμιώτισσας με την αργυρή επένδυση, οι άλλες εικόνες του τέμπλου ιστορήθηκαν από τον αγιογράφο Νικόλαο Καραβία.
Σχετικά χειρόγραφα ανάγουν την ίδρυση της Μονής τον 17ο αι. Το 1774 απέκτησε σταυροπηγιακά προνόμοια (υπήχθη δηλαδή στη δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου) σήμερα ωστόσο είναι μετόχι της Μονής Προφήτη Ηλία Πύργου Σαντορίνης, η οποία τους θερινούς μήνες φροντίζει για την επάνδρωσή της.
Μεγάλο πανηγύρι γίνεται εδώ στις 7 και Σεπτεμβρίου με τα εκκλησιαστικά δρώμενα να εκτυλίσσονται τόσο στην Κάτω όσο και στην Άνω Παναγιά, το ναό που στεφανώνει την κορυφή του Κάλαμου.
