Οι περιοχές Κάλαμος και Ρούκουνας έχουν συμπεριληφθεί στο διεθνές δίκτυο περιβαλλοντικής προστασίας Natura 2000 και ολόκληρο το νησί αποτελεί σημαντική περιοχή για την ορνιθοπανίδα. Ο θεόρατος συμπαγής βράχος του Καλάμου που μοιάζει με κεφάλι στο ανατολικό άκρο του νησιού, είναι ιδιαίτερα δημοφιλής στους έμπειρους αναρριχητές και ορειβάτες. Η άσφαλτος φτάνει μέχρι τη μονή Ζωοδόχου Πηγής. Από εκεί καλοχαραγμένο μονοπάτι οδηγεί κατευθείαν στην κορυφή του Κάλαμου, στα 461 μ.
Στο βράχο του Κάλαμου και στις βραχονησίδες Φτενά, Μακριά και Παχιά κάνει φωλιές ο μαυροπετρίτης (Falco eleonorae). Το αποδημητικό αυτό γεράκι φτάνει στην Μεσόγειο τον Απρίλιο. Τον Οκτώβριο γυρίζει στην ΝΑ Αφρική και κυρίως στη Μαδαγασκάρη. Στην Ελλάδα αναπαράγεται το 85% του παγκόσμιου πληθυσμού του, ενώ μόνο στην Ανάφη φιλοξενούνται πάνω από 300 ζευγάρια. Εδώ επίσης φωλιάζει ο αιγαιόγλαρος (Larus audouinii) ο μόνος γλάρος που απαντάται αποκλειστικά στη Μεσόγειο.
