Η νησίδα εντάσσεται σήμερα στο κοινοτικό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών “NATURA 2000” ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ) για την μεσογειακή χλωρίδα και ορνιθοπανίδα. Εξαιτίας της απουσίας μόνιμων κατοίκων διατηρούνται άθικτοι ορισμένοι οικότοποι, χαρακτηριστικοί των Κεντρικών Κυκλάδων κυριαρχούμενοι από φρύγανα και αμμόφιλη βλάστηση. Εδώ επίσης βρίσκουν ασφαλές ενδιαίτημα ο πετρίτης, μαυροπετρίτης, ο αιγαιόγλαρος και διάφορα αποδημητικά πουλιά.
Το ελάχιστο βάθος του στενού που χωρίζει το Δεσποτικό από την Αντίπαρο φτάνει μόλις στο 1 μ. ενώ παρεμβάλλεται και η νησίδα Κοιμητήρι. Η περιορισμένη βύθιση του πυθμένα καταδεικνύει ότι σε παλαιότερες εποχές οι διαδοχικές νησίδες αποτελούσαν χερσόνησο της Αντιπάρου θεωρία η οποία επιβεβαιώθηκε από αρχαιολογικά ευρήματα στον βυθό του όρμου του Δεσποτικού καθώς κι από την ανακάλυψη αρχαίου βωμού αφιερωμένου στην Εστία-Ισθμία.