Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης του νησιού ανήκουν στην Πρωτοκυκλαδική περίοδο (3η χιλιετία π.Χ.), όπως αποδεικνύουν οι οικισμοί στις θέσεις Αχτιά των Αγριλιών και Μύτη του Τραχύλα. Η μεγάλη ακμή του νησιού χρονολογείται στα Γεωμετρικά χρόνια (10ος-7ος αι. π.Χ.) και αντικατοπτρίζεται στον οχυρωμένο οικισμό της θέσης Βαθύ Λιμενάρι, στα νοτιοανατολικά, πολύ κοντά στη Μύτη του Τραχύλα. Οι ανασκαφές που έγιναν εδώ μέχρι το 1968 έφεραν στο φως σπουδαία ευρήματα, όπως μεγάλους αμφορείς με κυκλικά σχήματα, αγγεία, κτερίσματα, κ.α. Τα περισσότερα βρίσκονται στο αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου. Σήμερα στον αρχαιολογικό χώρο οδηγεί δευτερεύων ασφαλτόδρομος. Σώζονται θεμέλια ισχυρού τείχους, διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη και ίχνη από αρχαίους τάφους.