– Βασιλική του λιμένος. Τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με αίθριο και βαπτιστήριον, κτισμένη μεταξύ 5ου και 6ου αι. Με 72 μ. μήκος και 23,5 πλάτος, ήταν ένας από τους μεγαλύτερους χριστιανικούς ναούς της Μεσογείου και ενδεχομένως το πρώτο μεγαλόπρεπο κτίσμα μετά την επικράτηση της νέας θρησκείας στην Κω. Ανεγέρθηκε πάνω από τα ερείπια της αρχαίας στοάς του λιμένος, η οποία θάφτηκε για να αποτελέσει τεχνητό ανάχωμα και να της προσδώσει ύψος. Στον κυρίως ναό υπήρχαν ψηφιδωτά δάπεδα και αράβδωτοι κίονες από γρανίτη οι οποίοι μεταφέρθηκαν από τους Ιωαννίτες Ιππότες σε πύλη του κάστρου της Νερατζιάς. Tο βαπτιστήριό της, επικοινωνούσε με το νότιο κλίτος του κυρίως ναού μέσω μικρού διαδρόμου.
– Αγιος Γαβριήλ Ψαλιδιού. Μεγάλη βασιλική με τρίκογχο ιερό, ορθογώνιο νάρθηκα και εξωνάρθηκα. Βρίσκεται επί του παραλιακού δρόμου ΝΑ της πόλης. Το βαπτιστήριο στη νότια πλευρά του ναού διέθετε σταυρόσχημη κολυμβήθρα.
– Βασιλική Σκανδαρίου. Τρίκλιτη, με ημικυκλική αψίδα στο ιερό και ορθογώνιο νάρθηκα. Είχε δάπεδα με ψηφιδωτές παραστάσεις και ενσωματωμένο το βαπτιστήριο στο βόρειο κλίτος. Σημαντικό τμήμα του νότιου κλίτους της βρίσκεται κάτω από τον παρακείμενο ανεμόμυλο.
– Βαπτιστήριο Αγίου Ιωάννου. Περίκεντρο κτίσμα, πρώην βαπτιστήριο παλαιοχριστιανικής βασιλικής που τώρα χρησιμοποιείται ως κοιμητηριακός ναός. Οικοδομήθηκε τον 7ο ή τον 8ο αι. Αποκαλείται και Επτά Βήματα. Προσέξτε στο εσωτερικό της τα ιωνικά κιονόκρανα τα οποία στηρίζουν μέσω 8 τόξων τον θόλο της. Στους τοίχους σώζονται αγιογραφίες του 13ου αι. με σκηνές από τον βίο του Αγίου Ιωάννη, ενώ πρόσφατα στην πρόθεση του ιερού εργασίες συντήρησης αποκάλυψαν παράσταση με θέμα την Κοίμηση της Θεοτόκου, χρονολογημένη στις αρχές του 14ου αι.
– Αγιος Ιωάννης Θεολόγος. Βασιλική αφιερωμένη στον Αη Γιάννη τον Περγιαλίτη, στο Μαστιχάρι και πολύ κοντά στον αιγιαλό. Την ανέσκαψε ο Α. Ορλάνδος -και μάλιστα ήταν η πρώτη ανασκαφική απόπειρα οργανωμένη από το ελληνικό κράτος μετά την ενσωμάτωση των Δωδεκανήσων το 1947. Διακρίνονται ψηφιδωτά με γεωμετρικό διάκοσμο και ποικιλόσχημα πλαίσια που κοσμούνται με θέματα φυτών και ζώων.
– Αγιος Παύλος Ζηπαρίου. Τρίκλιτη βασιλική με αψιδωτό ιερό και παράπλευρο βαπτιστήριο. Η αφιέρωσή της σχετίζεται με το πέρασμα του Απ. Παύλου από την Κω γεγονός που μνημονεύεται από τις «Πράξεις των Αποστόλων» (Πρ. 20,38). Παρότι κατεστραμμένη διατηρούνται σπαράγματα από το ψηφιδωτό δάπεδό της.
– Βασιλική Καπαμα. Ναοδομικά παρόμοια με εκείνη του Αγίου Παύλου στο Ζηπάρι έχοντας όμως σε άλλη θέση το βαπτιστήριο. Σώζονται ψηφιδωτά δάπεδα με γεωμετρικά σχέδια καθώς και με παραστάσεις κανθάρων, πτηνών και ιχθύων, υψηλής τεχνοτροπίας.
– Βασιλική Καρδάμαινας. Τρίκλιτη βασιλική του 7ου αι. η οποία φέρει ημικυλινδρική αψίδα στο ιερό, νάρθηκα, αίθριο και ίχνη από βοηθητικά κτίσματα προς Β. Ιδιομορφία παρουσιάζει το βαπτιστήριό της στην προέκταση του νότιου κλίτους, καθώς οι κολυμβήθρες ήταν δυο: Μια ρηχή για παιδιά και μια βαθύτερη για μεγάλους. Από σχετικές αφιερώσεις προκύπτει ότι τα πλούσια ψηφιδωτά που κοσμούσαν άλλοτε το δάπεδό της έγιναν με δαπάνες των μητροπολιτών Δωρόθεου, Ευτύχιου και του πρωτοπρεσβύτερου Φωτεινού.