Στην Κύθνο υπάρχουν δυο μεσόγειοι οικισμοί, η γραφική Χώρα (ή Κύθνος) που έχει αυθεντικό αιγαιοπελαγίτικο ύφος και η Δρυοπίδα την οποία διαφοροποιούν οι κεραμοσκεπές της, απόρροια της παράδοσής της στην κεραμουργία, αλλά και της φυσικής της προστασίας από τους ανέμους. Η Χώρα με τα ασβεστωμένα σπίτι της, τις εξωτερικές σκάλες που συνδέουν τα κατώγια με τα ανώγια, τις επίπεδες ή επικλινείς στέγες και τους στενούς πλακόστρωτους δρόμους, διέπεται από τους κανόνες της κυκλαδίτικης αρχιτεκτονικής. Αντίθετα η Δρυοπίδα με τα κεραμίδια στις στέγες, τα ακροκέραμα και τα φουρούσια, κλίνει προς μια λαϊκότροπη εκδοχή του νεοκλασικισμού.
Οι τρεις κύριοι παραθαλάσσιοι οικισμοί είναι: ο Μέριχας που φιλοξενεί το κεντρικό λιμάνι, τα Λουτρά που είναι γνωστά για τις ιαματικές πηγές τους και η Παναγία Κανάλα με το ομώνυμο Ορθόδοξο προσκύνημα. Αλλοι μικρότεροι οικισμοί είναι, ο Αγιος Δημήτριος, η Επισκοπή, ο Αγιος Στέφανος, τα Φλαμπούρια, το Καλό Λιβάδι, η Αγία Ειρήνη και η Απόκρουση.
Στην ενδοχώρα της Κύθνου, όπως και σε πολλά άλλα νησιά των Κυκλάδων, κυριαρχούν οι ξερολιθιές, ως μέσο συγκράτησης αλλά και διαχωρισμού των γαιών και τα «κελιά», πέτρινα ασοβάτιστα κτίσματα μικρού μεγέθους για τις ανάγκες των αγροτών. Υπάρχουν και πολλοί ανεμόμυλοι, διατηρημένοι είτε ερειπωμένοι, λόγω της μεγάλης παράδοση που υπήρχε παλαιότερα στην άλεση κριθαριού. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα εγκαταλελειμμένα κτίρια που χρησιμοποιούσαν οι μεταλλευτικές εταιρείες οι οποίες είχαν δραστηριοποιηθεί στο νησί από τα μέσα του 19ου αι. Οσα στέκονται όρθια, διατηρούν το ύφος της πρώιμης βιομηχανικής περιόδου.
