Ο σημερινός ναός, βασιλική με πολυγωνικό τύμπανο στον τρούλο, κτίστηκε το 1869 στην θέση παλαιότερου ναού ο οποίος σχετίζεται με τοπικούς θρύλους. Αφηγούνται τη θαυματουργή εύρεση εικόνας της Παναγίας από Κυθνιώτες ψαράδες στη θάλασσα και συγκεκριμένα στο στενό (κανάλι) μεταξύ Κύθνου και Σερίφου. Κατά την παράδοση η εικόνα εκείνη φανερώθηκε μέσα από στήλη φωτός στους αλιείς και ήταν αγιογραφημένη από τον Οσιο Λουκά. Σήμερα, ωστόσο, τέτοια εικόνα δεν υπάρχει μέσα στον ναό. Στη θέση της στέκει και συγκεντρώνει το σέβας των πιστών, ένα εξαίσιο έργο της Κρητικής Σχολής ιστορημένο το 1575 από τον Εμμανουήλ Σκορδίλη. Η παράσταση ακολουθεί το αγιογραφικό μοτίβο της Οδηγήτριας
Η Παναγία η Κανάλα είναι το μεγαλύτερο Ορθόδοξο προσκύνημα της Κύθνο κι ένα από τα σημαντικότερα στις Κυκλάδες. Το πανηγύρι της τον Δεκαπενταύγουστο είναι ξακουστό σε όλο το Αιγαίο. Γίνεται περιφορά της εικόνας και αναπαράσταση του τρόπου με τον οποίο βρέθηκε το παλαίφατο σέβασμα.
Info
– Την Παναγία Κανάλα αναφέρει και το ποίημα του Νίκου Γκάτσου «Κυκλαδίτικο» που μελοποίησε ο Μάνος Χατζιδάκις
– Σε ένα μικρό νησί, μήκους 19 χλμ. η ύπαρξη 359 εκκλησιών δεν είναι καθόλου αυτονόητη. Είναι όμως ενδεικτική της ευλάβειας που είχαν οι Κυθνιώτες, άνθρωποι θαλασσινοί, μαθημένοι σε δύσκολες συνθήκες διαβίωσης.