Στις ΒΑ ακτές του νησιού και κοντά στα Λουτρά, στην περιοχή του Μαρουλά, η αρχαιολογική σκαπάνη έφερε στο φως πολύ σημαντικά ευρήματα για την εξελικτική πορεία του ανθρώπου στην λεκάνη της Ανατ. Μεσογείου. Οι ανασκαφές που συντελέστηκαν μέχρι το 2005 αποκάλυψαν 30 κυκλικούς χώρους κατοίκησης οι οποίοι λειτουργούσαν ως δάπεδα καλυβών. Κάτω από τις λιθοστρώσεις τους εντοπίστηκαν 15 ταφές μεταξύ των οποίων ένας ακέραιος ανθρώπινος σκελετός με κτερίσματα από πυριτόλιθο, οψιδιανό και χαλαζία. Δέκα διαφορετικά δείγματα άνθρακα προσδιόρισαν την ηλικία των ευρημάτων μεταξύ 8800-8600 π.Χ. Σαφέστατα ο Μαρουλάς της Κύθνου διεκδικεί εξέχουσα θέση στον παγκόσμικο χάρτη της παλαιοανθρωπολογίας. Πρώτη φορά εμφανίζεται υπαίθρια τοποθεσία με κτιστές κατασκευές της Μεσολιθικής περιόδου στον ελλαδικό χώρο -και μάλιστα στην περιοχή του Αιγαίου. Ο οικισμός είναι σύγχρονος ή και προγενέστερος από τις εγκαταστάσεις στο σπήλαιο Φράχθι της Αργολίδας και στο σπήλαιο Γιούρα της Αλοννήσου. Η Μεσολιθική, η εποχή δηλαδή που χωρίζει την Παλαιολιθική από την Νεολιθική περίοδο αποτελεί μεταβατικό στάδιο της ανθρωπότητας από την κυνηγετική-τροφοσυλλεκτική νομαδική κοινωνία στην μόνιμη εγκατάσταση και την ανάπτυξη της γεωργίας/αλιείας. Ο Μαρουλάς και η γειτνίασή του με τη Μήλο απ’ όπου προμηθευόταν τον απαραίτητο οψιδιανό λίθο, υποδηλώνει την ενεργό συμμετοχή των Κυκλάδων στην εξέλιξη του απώτερου προϊστορικού ανθρώπου.