Ενα από τα γεγονότα που σημάδεψαν την εξέλιξη της Πάτμου ήταν η σύσταση της Πατμιάδας Σχολής το 1713. Ιδρυτής της υπήρξε ο Πάτμιος Μακάριος Καλογεράς, ο οποίος συνδέθηκε με οικογένειες όπως των Μαυροκορδάτων και των Υψηλάντηδων, οι οποίες τον υποστήριξαν στο έργο της δημιουργίας μιας «κοινής του γένους σχολής» στο νησί. Γύρω από το σπήλαιο της Αποκάλυψης έκτισε αρχικά την αίθουσα για τις παραδόσεις μαθημάτων και μερικά κελιά για τη διαμονή των μαθητών. Η φήμη της σχολής εξαπλώθηκε και μέσα σε μικρό διάστημα άρχισαν να μαθητεύουν εκεί νέοι από πολλά μέρη. Ετσι χρειάστηκε να γίνουν επεκτάσεις από το 1729 και μετά. Μαθητές της σχολής υπήρξαν πάρα πολλοί κατοπινοί λόγιοι. Στο τέλος του 18ου αιώνα η Πατμιάδα αναδείχθηκε ως μία από τις πιο σημαντικές σχολές στην Ελλάδα, δεχόταν χορηγίες και δωρεές κι έδινε υποτροφίες στους φτωχότερους μαθητές.
Τον 19ο αιώνα, η σχολή παρήκμασε, ωστόσο γύρω στο 1831 ανακαινίστηκε και η λειτουργία της αποκαταστάθηκε για να διακοπεί και πάλι στη διάρκεια της Ιταλοκρατίας, από το 1912 ως το 1947, οπότε επανιδρύθηκε ως ιερατική σχολή. Από το 1948, με τη χορηγία της μονής του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, των αμερικανικών Πατμιακών Συλλόγων και άλλων ευεργετών, καθώς και με έρανο των απανταχού Πατμίων, άρχισε η οικοδόμηση νέων κτιρίων, στα οποία η σχολή λειτουργεί μέχρι σήμερα ως εκκλησιαστικό σχολείο.