Τα αρχαιολογικά ευρήματα από κεραμικά και λίθινα εργαλεία στην ακρόπολη στο Καστέλλι που επιβλέπει το λιμάνι της Σκάλας, μαρτυρούν ότι αυτό το τμήμα της Πάτμου είχε συνεχή κατοίκηση από την Μέση και Ύστερη εποχή του Χαλκού (2000 και 1100 π.Χ.) μέχρι τη Γεωμετρική και Αρχαϊκή εποχή. Οι οχυρώσεις του οικισμού αυτού χρονολογούνται από τον 3ο-4ο αιώνα π.Χ., με περαιτέρω ανακατασκευές κατά την ελληνιστική και την ρωμαϊκή περίοδο. Σε αυτές τις εποχές η Πάτμος βρισκόταν στην επιρροή του σπουδαίου λιμανιού της Μιλήτου που διατηρούσε σπουδαία στρατηγική θέση στους εμπορικούς δρόμους της Μεσογείου. Ήταν, δε, ιδιαίτερα χρήσιμη στου Μιλήσιους για τα ασφαλή της λιμάνια στις ανατολικές και δυτικές της ακτές. Μια επιγραφή του 2ου αιώνα π.Χ. μας αποκαλύπτει ότι η Πάτμος ήταν αρκετά μεγάλη για να συντηρεί το δικό της Γυμνάσιο με μια ομάδα λαμπαδηφόρων και αθλητών πάλης.
Η Αποκάλυψη
Στα ύστερα ρωμαϊκά χρόνια το νησί υποστηρίζεται ότι χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εκτόπισης πολιτικών εξορίστων. Μέσα σ’ αυτό το πλαίσιο, οι αρχαίες χριστιανικές παραδόσεις από τα τέλη του 2ου μ.Χ. αιώνα μαρτυρούν για την εξορία του Ευαγγελιστή Ιωάννη στη Πάτμο εξαιτίας του κατηχητικού του έργου. Αυτό φαίνεται ότι έγινε γύρω στο 95 μ.Χ., τους τελευταίους χρόνους της ηγεμονίας του αυτοκράτορα Δομιτιανού. Ο ίδιος ο συγγραφέας της Αποκάλυψης, του προφητικού και αποκαλυπτικού βιβλίου της Καινής Διαθήκης, μας βεβαιώνει ότι όταν βρέθηκε στην Πάτμο πήρε την θεϊκή εντολή να καταγράψει την εμπειρία ενός οράματος που είδε και να το στείλει στις επτά χριστιανικές εκκλησίες της ρωμαιοκρατούμενης τότε Μικράς Ασίας. Μέσα από το κείμενο μαθαίνουμε ότι: «Εγώ ο Ιωάννης, ο αδελφός σας και συμμέτοχος μαζί σας στη θλίψη και στη βασιλεία και στην άσκηση της υπομονής με τη χάρη του Iησού Xριστού, εξορίστηκα στο νησί που ονομάζεται Πάτμος, επειδή κήρυττα το Λόγο του Θεού κι έδινα τη μαρτυρία μου για τον Ιησού Xριστό. Εκεί με συνεπήρε το Πνεύμα την ημέρα της Kυριακής και άκουσα πίσω μου μια φωνή δυνατή σαν της σάλπιγγας, που έλεγε: Ό,τι βλέπεις γράψε το σε βιβλίο και στείλε το στις εφτά εκκλησίες: στην Έφεσο, στη Σμύρνη, στην Πέργαμο, στη Θυάτειρα, στις Σάρδεις, στη Φιλαδέλφεια και στη Λαοδίκεια» (Ιωάννου Αποκάλυψις Α, 9-11).
Παρά τις διάφορες μελέτες των ειδικών που αναζητούν την ιστορική τεκμηρίωση της παρουσίας του Ιωάννη στο νησί, οι χριστιανικές παραδόσεις επιμένουν να τοποθετούν τον συγγραφέα της Αποκάλυψης μαζί με τον αφοσιωμένο μαθητή του Πρόχορο στο ομώνυμο σπήλαιο που σήμερα είναι ενσωματωμένο στο χαμηλότερο ανατολικό τμήμα της μονής του Ιωάννη του Θεολόγου. Ένα μεταγενέστερο απόκρυφο κείμενο καταγράφει τα μέρη του νησιού που σχετίζονται με τα γεγονότα της παραμονής του Ευαγγελιστή στη Πάτμο, τα οποία ιστόρησε ο αγιογράφος στον έξω νάρθηκα του Καθολικού της μονής. Πολλά σπαράγματα από αρχιτεκτονικά μέλη παλαιοχριστιανικών βασιλικών που σώζονται εντοιχισμένα στο μοναστήρι, αποδεικνύουν την διάδοση του χριστιανισμού στο νησί κατά τον 4ο-6ο αιώνα. Επίσης, υπάρχει επιγραφική μαρτυρία για την ύπαρξη παλαιότερης βασιλικής στα θεμέλια της σημερινής μονής. Η Πάτμος υπέστη κατά τον 7ο -9ο αιώνα τις ολέθριες συνέπειες των πειρατικών αραβικών επιδρομών που οδήγησαν στην ερήμωση του νησιού και τον εξανδραποδισμό των κατοίκων του στα σκλαβοπάζαρα της Ανατολής.
Η μονή του Αγίου Ιωάννη Θεολόγου
Ένα μεγάλο κεφάλαιο στην ιστορία του νησιού άνοιξε όταν ένας σπουδαίος ασκητής έφθασε εκεί το 1081 από το μοναστική κοινότητα του όρους Λάτρους, κοντά στη Μίλητο. Ήταν ο Όσιος Χριστόδουλος που έγινε ο κτήτορας του μοναστηριού του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, όταν ο αυτοκράτορα Αλέξιος Α΄ Κομνηνό το 1088 του παραχώρησε «δῶρον ἀναφαίρετον» ολόκληρο το νησί. Στη μονή επίσης παραχωρήθηκαν με το δωρητήριο χρυσόβουλλο οι γειτονικοί Αρκιοί, οι Λειψοί, το Παρθένιο και το Τεμένιο της Λέρου. Με τις αφορολόγητες προσόδους από την γεωργική και κτηνοτροφική εκμετάλλευσή τους, σε συνδυασμό με τα προνόμια που πήρε για την σύσταση ενός μικρού εμπορικού στόλου, η μονή συγκέντρωσε μεγάλο πλούτο και δύναμη. Για την ανοικοδόμησή της, που σταδιακά στο πέρασμα των αιώνων πήρε φρουριακή μορφή, κατέφθασαν στο έρημο τότε νησί ένα πλήθος εργατών που αρχικά κατοίκησαν στη βόρεια πλευρά του νησιού, στο ακρωτήριο Εύδηλο. Αργότερα αναζήτησαν προστασία εξαιτίας των πειρατικών επιδρομών κοντά στα τείχη του μοναστηριού και συνέστησαν τον πρώτο πυρήνα του οικισμού της Χώρας. Σε αυτήν αργότερα εγκαταστάθηκαν πρόσφυγες ύστερα από την Άλωση της Πόλης, αλλά και Κρητικοί το 1669 όταν καταλήφθηκε ο Χάνδακας από τους Οθωμανούς. Η πολιτική των βυζαντινών αυτοκρατόρων να ενισχύουν σταθερά τη μονή, κατέστησε την Πάτμο ένα απόρθητο προκεχωρημένο φυλάκιο της αυτοκρατορίας και εξασφάλισε τον μόνιμο εποικισμό του νησιού. Η μοναχική κοινότητα από τότε μέχρι σήμερα αποτέλεσε καθοριστικό παράγοντα διαμόρφωσης της οικονομικής, κοινωνικής και πολιτιστικής ζωής των Πατμίων. Στους αιώνες που ακολούθησαν η μονή με το κύρος της εξασφάλισε αρχικά καλές σχέσεις με τους Ιωαννίτες Ιππότες που κατάλαβαν τα Δωδεκάνησα (1309), και αργότερα με τους Οθωμανούς που τους διαδέχθηκαν στην κυριαρχία στο νοτιοανατολικό Αιγαίο (1522).
Η διπλωματική ευελιξία των μοναχών εξασφάλισε προνόμια, προστασία και μεγάλα οικονομικά οφέλη σε μια περίοδο που το Αιγαίο ήταν θέατρο σκληρών συγκρούσεων και διεκδικήσεων ανάμεσα σε Τούρκους και Βενετσιάνους. Η μονή του Θεολόγου και ολόκληρο το νησί γνώρισε κατά τον 16ο και 17ο αιώνα μεγάλη ακμή εξαιτίας της αλματώδους ανάπτυξης της ναυτιλίας και του διαμετακομιστικού εμπορίου. Τότε κτίστηκαν τα μεγάλα αρχοντικά κοντά στη Χώρα και η πνευματική ζωή στο νησί μπολιάστηκε με τους Κωνσταντινοπολίτες και Κρητικούς πρόσφυγες. Η πορεία αυτή της Πάτμου ανακόπηκε βίαια με την ληστρική επιδρομή στο νησί του ναύαρχου του ενετικού στόλου Φραντσέσκο Μοροζίνι. Μια ενθύμηση από χειρόγραφο της μονής σχετική με την επίθεση των Βενετών στην Πάτμο είναι άκρως αποκαλυπτική: «…αχνθ’ Ιουνίου ιη (18 Ιουνίου 1659). Ήλθεν του Βενετζάνου η αρμάδα και γιακούμησεν την Πάτινον, ημέρα σαββάτο και ήτον γενεράλης ο Φρατζέσκο Μοροζίνης ο Σγαρδέλλις και ανάθεμα τον». Τα χρόνια που ακολούθησαν στο νησί αναδείχτηκε κοινωνικά και οικονομικά η τάξη των καραβοκύρηδων, που κατά τον 17ο και 18ο αιώνα οι ναυτιλιακές και εμπορικές τους δραστηριότητες έφεραν στη Πάτμο μεγάλο πλούτο, με συνέπεια, εκτός των άλλων, να υπάρξουν μεγάλες ανακατατάξεις στην πολεοδομική και αρχιτεκτονική φυσιογνωμία της Χώρας.
Ορόσημο όμως της πνευματικής ακμής του νησιού στα χρόνια εκείνα αποτελεί η ίδρυση το 1713 της Πατμιάδας Σχολής. Ιδρυτής της ήταν ο Πατινιώτης μοναχός Μακάριος Καλογεράς που ύστερα από λαμπρές σπουδές στη Πατριαρχική Ακαδημία της Κωνσταντινούπολης επέστρεψε στο νησί του. Στην αρχή στην Σχολή φοιτούσαν λίγα παιδιά από τη Πάτμο, αλλά γρήγορα άρχισαν να συρρέουν πολλοί σπουδαστές από όλο τον ελληνικό χώρο. Ο Μακάριος δίδασκε ελληνική και λατινική γλώσσα και φιλολογία, φιλοσοφία, ρητορική και εκκλησιαστική μουσική. Το 1720 αποφοίτησαν οι πρώτοι σπουδαστές, και ένας από αυτούς ήταν ο Ιάκωβος Πάτμιος που δίδαξε τα ελληνικά γράμματα στη Συρία και τη Παλαιστίνη και έγινε ιδρυτής της Σχολής των Ιεροσολύμων. Το 1729 το οικοδόμημα της Σχολής επεκτάθηκε για να στεγάσει τους πάνω από 200 σπουδαστές. Ο Μακάριος συγκέντρωνε πλούσιες χορηγίες από τις ισχυρές φαναριώτικες οικογένειες της Πόλης. Είναι χαρακτηριστικό ότι το 1745 κατατέθηκαν έντοκα 3.500 γρόσια για την συντήρηση των δασκάλων της Σχολής. Μετά τα δύσκολα χρόνια της Επανάστασης του 1821 η σχολή επαναλειτούργησε το 1831, για να κλείσει επί Ιταλικής κατοχής. Μετά τον πόλεμο άνοιξε ξανά τις πόρτες της ως εκκλησιαστική σχολή.
Η κάτοικοι του νησιού ένθερμα υποδέχθηκαν το 1770 τον απελευθερωτικό στόλο των Ορλώφ κατά τον ρωσοτουρκικό πόλεμο του 1768-1774, ο οποίος όμως έληξε τραγικά για τους Έλληνες όταν με την υπογραφή της συνθήκης Κιουτσούκ-Καϊναρτζή αποδόθηκαν ξανά τα νησιά του Αιγαίου στους Οθωμανούς. Οι Πατινιώτες πρωτοστάτησαν κατά τον Αγώνα της Ανεξαρτησίας του 1821 υψώνοντας αμέσως μετά τους Σπετσιώτες τη σημαία της ελευθερίας στο νησί τους. Συμπατριώτες τους μάλιστα ήταν ο Εμμανουήλ Ξάνθος, εκ των ιδρυτών της Φιλικής Εταιρείας, και ο απόστολος της Φιλικής Δημήτριος Θέμελης που ανέλαβε ηγετικό ρόλο στην Επανάσταση στο Αιγαίο. Οι Μεγάλες Δυνάμεις όμως με την συνθήκη της Κωνσταντινούπολης (1832) παραχώρησαν τα Δωδεκάνησα ξανά στους Οθωμανούς, οι οποίοι όμως τον Μάιο του 1912 τα παρέδωσαν στους Ιταλούς.
Μια ξεχωριστή στιγμή ήταν η 4 Ιουνίου 1912, όταν οι αντιπρόσωποι των νησιών οργανώνουν το πανδωδεκανησιακό Συνέδριο της Πάτμου, και κηρύσσουν την αυτόνομη Πολιτεία του Αιγαίου. Όμως η «προσωρινή» παρουσία των Ιταλών στα Δωδεκάνησα με τη μυστική συνθήκη της Ιταλίας με τις δυνάμεις της Αντάντ (22 Αυγούστου 1915,) μετατράπηκε σε προσάρτηση της Δωδεκανήσου, ως αντάλλαγμα της συμμετοχής της στο πλευρό της συμμαχίας. Μετά τη λήξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου στις 10 Φεβρουαρίου 1947 υπογράφηκε στο Παρίσι συνθήκη ειρήνης μεταξύ των νικητών του πολέμου και της Ιταλίας, σύμφωνα με την οποία η Ιταλία εκχωρούσε στην Ελλάδα τα νησιά της Δωδεκανήσου με πλήρη κυριαρχία. Στις 9 Ιανουαρίου 1948 με τον 518 νόμο της Δ΄ Αναθεωρητικής Βουλής των Ελλήνων, η Πάτμος μαζί με τα υπόλοιπα Δωδεκάνησα εντάχθηκε και τυπικά μέσα στα όρια του ελληνικού κράτους.