Στο νησί εκτρέφονται μικρά κοπάδια, κυρίως αιγοπρόβατα, ενώ αφθονούν και οι όρνιθες. Τα κατσίκια της Φολεγάνδρου φημίζονται σε όλο το Νότιο Αιγαίο για το νόστιμο κρέας τους, εξαιτίας κυρίως του αλατιού που αποθέτουν στις χορτολιβαδικές εκτάσεις οι άνεμοι. Η πάμπλουτη σε ενδημικά βότανα ξερική χλωρίδα του νησιού ευθύνεται για την υψηλή διατροφική αξία του ντόπιου μελιού. Εκτός από θυμάρι, θρούμπι και φασκομηλιές (αλισφακιά στην ντόπια διάλεκτο) ευδοκιμούν ανεμώνες, κυκλάμινα και αρκετά είδη αμάραντου τα οποία ενισχύουν τη γεύση και την ποιότητά του. Πέρα από τις γνωστές κυψέλες από ξύλο, διατηρούνται ακόμα στην ύπαιθρο πέτρινα μελίσσια σε μόνιμες σειρές, θαυμάσια δείγματα παραδοσιακής λιθοδομής.