Ανέρχονται σε 22 και οι περισσότερες ακολουθούν το ρυθμό της βασιλικής με τρούλο. Είναι κυρίως οικογενειακοί ναοί και τους κοσμούν έργα των Μιχαήλ Δαμασκηνού και Ιωάννη Σκορδίλη, του 17ου αι. Πολλές έχουν χαρακτηριστεί Διατηρητέες ως Ιστορικά Μνημεία κυρίως των μεταβυζαντινών χρόνων. Εκτός από την Παναγία Γκρεμιώτισσα είναι ο Αγιος Ιωάννης Πρόδρομος, η Αγία Αικατερίνη, ο Άγιος Νικόλαος του Λαζάρου, η Παναγιά Χρυσοπηγή, ο Ευαγγελισμός, ο Άγιος Νικόλαος-Αγία Βαρβάρα, ο Άγιος Γεώργιος, ο Τίμιος Σταυρός, η Παναγία Φανερωμένη κ.α.
Η Φραγκοκλησιά
Κοντά στο Δημοτικό σχολείο της Χώρας, βρίσκεται η μοναδική καθολική εκκλησία του νησιού και σήμερα ερειπωμένη. Kτίστηκε στα τέλη του 14ου αιώνα και ανήκε στην Επισκοπή Θήρας μέχρι το 1887.
Η Αγία Θεοδότη
Οπως και σε άλλα Κυκλαδονήσια, λέγεται ότι η Ίος έχει 365 εκκλησίες, όσες και οι μέρες του χρόνου. Η πιο παλιά είναι της Αγίας Θεοδότης, στο ΒΑ τμήμα του νησιού δίπλα στον όρμο που έχει το όνομά της. Ιδρύθηκε τον 16ο αιώνα και είναι κτισμένη πάνω στα ερείπια του αρχαίου ναού του Απόλλωνα. Ακριβώς απέναντι από την εκκλησία υπάρχουν ίχνη ελληνιστικού πύργου και αρχαίου υδραγωγείου.
Info
Ο Αγιος Γεώργιος και η Αγία Ειρήνη στο λιμάνι της Ίου έχουν επίσης κηρυχθεί Διατηρητέες ως Ιστορικά Μνημεία