Είναι το μεγαλύτερο σπήλαιο των Κυκλάδων και ένα από τα ωραιότερα της Ελλάδας. Αγναντεύει τη θάλασσα στη νοτιοδυτική πλευρά του νησιού και έχει πρόσβαση με τα πόδια από την Παναγιά. Ογκώδεις σταλαγμίτες, φυσικές κολώνες και εντυπωσιακοί σταλακτίτες σχηματίζουν τον διάκοσμο του πρώτου θαλάμου του σπηλαίου. Πιο μέσα σχηματίζονται διαδοχικές, ευρύχωρες αίθουσες και μια μικρή λίμνη. Από τα τοιχώματα στάζει «σπηλαιόγαλα» (σπάνια υδαρής σταλαγμιτική ύλη). Σύμφωνα με την παράδοση, το σπήλαιο ανακαλύφθηκε τυχαία τον 19o αι., από έναν βοσκό ο οποίος βρήκε εντός του μια εικόνα του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου. Ωστόσο, στο εσωτερικό του έχουν βρεθεί ενδείξεις λατρευτικής χρήσης από τα αρχαία χρόνια.
Info
– Στις 27 Αυγούστου (παραμονή της Αποτομής του Τιμίου Προδρόμου) στην πρώτη αίθουσα του σπηλαίου του Αγίου Ιωάννη τελείται Εσπερινός, γεγονός που επιβεβαιώνει τη μακραίωνη λατρευτική παράδοση.
– Για να δείτε το σπήλαιο θα πρέπει να έχετε μαζί σας ισχυρούς φακούς και να συνοδεύεστε από κάποιο ακόμη άτομο –κατά προτίμηση ντόπιο. Μην το επιχειρήσετε εαν είστε μόνοι σας.