Δύο πυρήνες υπάρχουν στην περιοχή της δυτικής Μήλου που έχει ενταχθεί στο Δίκτυο NATURA 2000. Ο ένας είναι η νοτιοδυτική παράκτια Μήλος, η οποία αποτελεί βιότοπο της μεσογειακής φώκιας. Ο άλλος καταλαμβάνει το υπόλοιπο δυτικό μέρος του νησιού, ως βιότοπος της κόκκινης οχιάς της Μήλου. Στην περιοχή NATURA ανήκει η Αχιβαδολίμνη (ή Χιβαδολίμνη, γιατί κάποτε ήταν γεμάτη αχιβάδες), ο μεγαλύτερος φυσικός υγρότοπος των Κυκλάδων και σημαντικός σταθμός μεταναστευτικών πουλιών (εμφανίζονται κύκνοι και φλαμίνγκο). Επίσης, το δάσος οριζοντιόκλαδων κυπαρισσιών, σπάνιος βιότοπος με αιωνόβια δέντρα.
Στη δυτική Μήλο υπάρχουν πλήθος φυτά και βότανα, αγριολούλουδα και προστατευόμενα πουλιά -όπως ο μαυροπετρίτης, ένα σπάνιο μεταναστευτικό γεράκι.