Από τον 14ο αιώνα η πρωτεύουσα της Μήλου μεταφέρθηκε από το κάστρο, όπου βρισκόταν στην αρχή της Ενετοκρατίας, στο κέντρο του νησιού, στη Ζεφυρία, με τον εύφορο κάμπο. Η νέα πρωτεύουσα, η Χώρα, άκμασε ιδιαίτερα τον 17ο και 18ο αιώνα, καθώς εκεί είχαν εγκατασταθεί έμποροι που ασχολούνταν με την αγοραπωλησία της λείας την οποία έφερναν οι πειρατές στη Μήλο, ή τροφοδοτούσαν τα πειρατικά πλοία με εφόδια, δημιουργώντας έτσι μια πολύ επικερδή αγορά που έφερνε πλούτο στη Μήλο. Εδώ υπήρχε και η καθολική Μητρόπολη των Αγίων Κοσμά και Δαμιανού. Με την εγκατάσταση των Τούρκων στη Μήλο η πειρατεία σταδιακά εξαλείφθηκε. Η Χώρα εγκαταλείφθηκε μετά τον 18ο και κυρίως τον 19ο αιώνα καθώς η έκλυση αναθυμιάσεων από κάποια γεωλογικά φαινόμενα έβλαψε την υγεία των κατοίκων. Οι Μηλιοί ξαναγύρισαν στο κάστρο και έφτιαξαν τους οικισμούς γύρω από αυτό.
Σήμερα στη Ζεφυρία σώζονται δύο πολύ ενδιαφέροντα μνημεία: η Παναγία η Πορτιανή και ο ναός του Χριστού.
