Χλωρίδα και Πανίδα

Η Πολύαιγος φιλοξενεί σπάνια είδη φυτών, όπως η ορχιδέα με μονό άνθος (Serapias carica var. monantha) και πολλά ελληνικά ενδημικά είδη. Γενικά η χλωρίδα του νησιού ποικίλει από φρύγανα έως χαμόδεντρα, όπως ο φίδας και η αγριελιά. Ιδιαίτερη είναι και η πανίδα της. Φιλοξενεί σπάνια ή απειλούμενα ενδημικά είδη, όπως η Μεσογειακή φώκια Monachus monachus, η ενδημική οχιά Macrovipera schweizeri (ζει μόνο στην Κίμωλο, την Πολύαιγο, τη Μήλο, τη Σίφνο), την ενδημική μπλε σαύρα Podarcis milensis, το γεράκι Falco eleonore (μαυροπετρίτης), ο σπιζαετός κ.α. Λόγω της μεγάλης οικολογικής της σημασίας η Πολύαιγος έχει ενταχθεί στο Δίκτυο Natura 2000 ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ).