Στη Σαντορίνη οι οικισμοί διακρίνονται σε γραμμικούς (Φηρά, Οία, Θηρασιά), εξελιγμένους οχυρούς (Πύργος, Εμπορείο, Ακρωτήρι) και υπόσκαφους (Βόθωνας, Φοινικιά, Καρτεράδος). Τα κτίρια ήταν υπόσκαφα, κτιστά, ή ημίκτιστα. Τα πιο διάσημα κτίσματα του νησιού, τα υπόσκαφα, είναι λαξευμένα στο κάθετο μέτωπο του στρώματος της άσπας. Χαρακτηριστικό των υπόσκαφων είναι η απλότητα και η πλαστικότητα των όγκων καθώς και το ότι «διεισδύουν» το ένα μέσα στο άλλο. Αυτή η μορφή σπιτιού αποτέλεσε πηγή έμπνευσης για τους αρχιτέκτονες των αρχών του 20ου αιώνα –μάλιστα επηρέασε, μεταξύ άλλων, τους Le Corbusier και Alvar Aalto.
Στις περισσότερες εκκλησίες του νησιού κυριαρχεί η λαϊκή αρχιτεκτονική. Εντυπωσιάζουν οι κατάλευκες επιφάνειες που έχουν διάφορες μορφές. Δεν έχουν αρχιτεκτονικό διάκοσμο και διαθέτουν λίγα και μικρά ανοίγματα.
