Είναι ένα από τα πιο ενδιαφέροντα χωριά της Θήρας όσον αφορά την αρχιτεκτονική του και έχει κτιστεί στις δυο πλευρές μιας χαράδρας που έχει μήκος περίπου 5 χλμ. Ανήκει στον τύπο των υπόσκαφων οικισμών και εμφανίζεται σε γραπτές πηγές από τα μέσα του 18ου αιώνα. Θα σας εντυπωσιάσουν τα σύνολα των υπόσκαφων σπιτιών με τις αυλές και τα στενά σοκάκια. Λίγο έξω από τον Βόθωνα θα βρείτε το εκκκλησάκι της Παναγίας Τρύπας, ή Παναγίας Σέργενας, λαξευμένο σε ψηλό ηφαιστειογενή βράχο.