Κοντά στη μονή των Ιησουιτών έχει κτιστεί η μονή των Καπουτσίνων, η οποία έπαιξε σημαντικό ρόλο στην θρησκευτική και κοινωνική ζωή της Άνω Σύρου. Εδώ βρίσκεται ο ιστορικός ναός του Αγίου Ιωάννη, Καθολική Μητρόπολη του νησιού μεταξύ 1639-1652. Κάτω από το ναό υπάρχουν κρύπτες στις οποίες κατέφευγαν οι άνθρωποι όταν γίνονταν επιδρομές πειρατών.