Στο νησί υπάρχουν πολλές αξιόλογες εκκλησίες που αξίζει να τις επισκεφθείτε. Από τις πιο σημαντικές είναι οι παρακάτω:
Πόθια: Η εκκλησία του Χριστούλη του Σωτήρα, με αυθεντικό τέμπλο του Τηνιακού γλύπτη Γιαννούλη Xαλεπά. Οι εικόνες και οι αγιογραφίες έχουν φιλοτεχνηθεί από τους ντόπιους ζωγράφους Σακελλάρη Mαγκλή, Γεώργιο Oικονόμου και Mιχάλη Aλαχούζο.
Αλλη αξιόλογη εκκλησία στην Πόθια, είναι ο Αγιος Νικόλαος, στο λιμάνι.
Βαθύς: Δείτε εξαιρετικές αγιογραφίες στην περίφημη Παναγία Χωστή.
Μασούρι: Επισκεφθείτε τα εκκλησάκια του Αγίου Ιωάννη και της Παναγίας, σε ύψωμα κοντά στον οικισμό. Επίσης, το εκκλησάκι της Παναγίας του Καστελιού, δίπλα στα χαλάσματα του κάστρου Καστέλι, 2,5 χλμ βόρεια στο δρόμο προς τα Aργινώντα.
Μυρτιές: Η εκκλησία του Αη Γιάννη στον παραθαλάσσιο οικισμό Μελιτσάχα ενσωματώνει μαρμάρινα μέλη από δωρικό ναό.
Πάνορμος: Επάνω στο νησάκι της Αγίας Κυριακής θα βρείτε την ομώνυμη εκκλησία.
Χωριό: Η εκκλησία του Χριστού της Ιερουσαλήμ, όπως λέγεται, βρίσκεται 500 μέτρα δυτικά του οικισμού, κτισμένη κοντά στα ερείπια αρχαίου ναού του Δηλίου Aπόλλωνα. Στο προαύλιό της εντοπίστηκε αποθέτης αγαλμάτων, δηλαδή χώρος ταφής ημιτελών ή μη επιθυμητών αγαλμάτων από κάποιο εργαστήριο γλυπτικής. Τα αγάλματα, που παριστάνουν θεότητες και ήρωες, στην πλειονότητά τους χρονολογούνται στην Eλληνιστική Περίοδο (2ος αι. π.X.). Εδώ βρίσκεται και η εκκλησία της Παναγίας της Κεχαριτωμένης, παλιά μητρόπολη του νησιού, με αξιόλογο ξυλόγλυπτο τέμπλο. Ο Ι. Kωλέττης, έκτακτος επίτροπος των «Συμπληρωματικών νήσων του τμήματος των ανατολικών Σποράδων» πριν ανταλλαχθεί η Κάλυμνος με την Εύβοια, ύψωσε στο σημείο αυτό την ελληνική σημαία για να αναγγείλει στους νησιώτες ότι η Kάλυμνος έγινε τμήμα της ελληνικής επικράτειας. Οι κίονες του ναού έχουν μεταφερθεί από το ιερό του Aπόλλωνα, τα ερείπια του οποίου βρίσκονται έξω από το Xωριό, κοντά στον Xριστό της Iερουσαλήμ.
Τέλος, στην ψηλότερη κορυφή του νησιού, πάνω από το κάστρο στο Χωριό, υπάρχει ο ναός του Προφήτη Ηλία.
