Οι Λειψοί δεν έχουν οργανωμένο καταδυτικό κέντρο, ούτε ανάλογες ιδιωτικές σχολές. Ωστόσο αποτελούν έναν πραγματικό παράδεισο για αυτοδύτες, τόσο στον κεντρικό νησιωτικό όγκο τους όσο και στις γύρω βραχονησίδες. Εντυπωσιακότερος είναι ο βυθός στο Μακρονήσι με τους απόκρημνους γεωλογικούς σχηματισμούς και το πλήθος των υποθαλάσσιων σπηλαίων.