Σχεδόν σε κάθε βήμα σας στη Χώρα θα συναντάτε και από μια εκκλησία, καθώς σε μια έκταση ενός τετραγωνικού χιλιομέτρου οι Μυκονιάτες έχουν κτίσει περισσότερες από 60 εκκλησίες! Οι περισσότερες χρονολογούνται στον 17ο και 18ο αιώνα και αρκετές από αυτές έχουν χαρακτηριστεί ως προστατευόμενα ιστορικά μνημεία από το Υπουργείο Πολιτισμού. Ενδιαφέρον παρουσιάζει η Αγία Ελένη, έως το 1878 μητρόπολη του νησιού. Δίπλα της βρίσκεται ο Αγιος Δημήτριος, κτισμένος με αρχαία μαρμάρινα μέλη, ο οποίος θεωρείται η παλαιότερη εκκλησία του κάστρου. Από τις αρχαιότερες είναι και η Αγία Μονή. Λίγο πιο κάτω είναι κτισμένο το εκκλησάκι της Αγίας Σωτήρας.
H Μητρόπολη της Μυκόνου είναι σήμερα ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής (ή Μεγάλης Παναγιάς), στην πλατεία της Αλευκάντρας. Η εικόνα της Παναγίας, σύμφωνα με την παράδοση, βρέθηκε μέσα σε ένα Πηγάδι, γι’ αυτό λέγεται και Παναγία Πηγαδιώτισσα.
Η εκκλησία που ξεχωρίζει στο λιμάνι είναι ο Αγιος Νικόλαος, ο επονομαζόμενος της Καδένας. Με αυτόν ήταν ενωμένο παλιότερα με τοξωτή γέφυρα το κτίριο της Καγκελαρίας (σημερινό Δημαρχείο), καθώς ήταν κτισμένος πάνω σε νησάκι. Θεωρείται ότι ο ναός υπήρχε στο σημείο αυτό τουλάχιστον από το 1700.
