Η Μύκονος είναι ιδανική για όσους αγαπούν τις καταδύσεις. Λειτουργούν οργανωμένα καταδυτικά κέντρα και καταστήματα που διαθέτουν καταδυτικό εξοπλισμό. Ως καλύτεροι μήνες θεωρούνται ο Σεπτέμβριος και ο Ιούνιος, επειδή το νερό είναι αρκετά ζεστό και υπάρχει καλή ορατότητα στο βυθό. Επίσης, διότι τα σκάφη στη θάλασσα δεν είναι πολλά.
Ο βυθός της Μυκόνου και των γύρω βραχονησίδων είναι εντυπωσιακός γεμάτος μικρά και μεγάλα ψάρια, μεγάλα μονόπετρα, υφάλους, ξέρες, σπασμένες πλάκες και φυκιάδες γεμάτες ζωή. Υπάρχουν επίσης αρκετά γνωστά ναυάγια, όπως του πλοίου «Πελοπόννησος» (ναυάγιο του 1930) και του παλιού τσιμεντάδικου «Άννα ΙΙ» (βρίσκεται σε βάθη από 30 έως 35 μέτρα, από το 1995). Πολύ ενδιαφέροντα βυθό έχουν και οι βραχονησίδες Πρασονήσια, το Τραγονήσι με τις εκπληκτικές θαλασσοσπηλιές και τα Χταπόδια που έχουν σημεία για wall diving.
