Ο αρχικός ναός του Αγίου Νικολάου ήταν κτισμένος μέσα στο Καστέλι του Σκάρου και ανήκε στην οικογένεια Γκύζη (ή Γύζη). Το 1651, την ημέρα της γιορτής του αγίου, αποφάσισαν να μετατρέψουν τον ναό σε γυναικεία μονή. Το 1674 έγινε Πατριαρχική-Σταυροπηγιακή. Μοναχές εγκαταστάθηκαν στο κτίριο και η μονή λειτούργησε μέχρι το 1815. Μετά την απομάκρυνση και των τελευταίων κατοίκων από τον Σκάρο, οι μοναχές την εγκατέλειψαν. Η νέα μονή ιδρύθηκε το 1816 στη θέση που βρίσκεται σήμερα, ανάμεσα στο Ημεροβίγλι και το Φηροστεφάνι. Τα 32 κελιά που διατηρήθηκαν στα νεότερα χρόνια, είναι κτισμένα σε σχήμα Π. Πανηγύρια οργανώνονται στη γιορτή του Αγίου Νικολάου, του Αγίου Παντελεήμονα και της Ζωοδόχου Πηγής.