Στη δυτική πλευρά του νησιού, στην περιοχή Επάνω Μύλοι, ανασκαφές έφεραν στο φως αντικείμενα χρονολογημένα από την πρώτη φάση του Κυκλαδικού Πολιτισμού (3.000 π.Χ.). Συγκεκριμένα στη θέση Αγριλιά ανακαλύφθηκαν ιδιόρρυθμοι θαλαμοειδείς τάφοι, ενώ το σημαντικότερο εύρημα στους Επάνω Μύλους ήταν ένα τηγανόσχημο αγγείο με χαραγμένο πάνω του ένα εννεάκτινο αστέρι. Σήμερα φυλάσσεται στο αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου.
Αλλη ανασκαφή στο νότιο άκρο των ανατολικών ακτών αποκάλυψε αντικείμενα από τα Ελληνιστικά και Ρωμαϊκά χρόνια