Ο φυσικός λιμένας των Λειψών είναι τεράστιος συγκριτικά με το μέγεθος του νησιού έχοντας ίση περίμετρο με εκείνη του Λαυρίου Αττικής. Χωρίζεται σε τρεις ζώνες: Την τουριστική, για την υποδοχή των πλοίων της γραμμής, την ζώνη της μαρίνας για αλιευτικά και σκάφη αναψυχής με δυνατότητα ανεφοδιασμού σε νερό, καύσιμα και ηλεκτρικό ρεύμα, και την εμπορική ζώνη η οποία βρίσκεται σε φάση τελικής διαμόρφωσης.
Αν έρθετε στους Λειψούς με ιδιωτικό σκάφος αξίζει να κάνετε εξορμήσεις στη λιλιπούτεια αυτή «πολυνησία» που υπάρχει στην υδάτινη περίμετρό τους.
Στα Β βρίσκεται το νησιωτικό σύμπλεγμα των Αρκιών με το ασφαλές σαν φιορδ γραφικό λιμάνι τους, τα παλιά πέτρινα σπίτια του οικισμού και την πανέμορφη παραλία Τηγανάκια στα νότια. Προτού φτάσετε στους Αρκιούς, οι νησίδες που προσπερνάτε είναι η Αργελούσσα και το Μαράθι. Στο τελευταίο λειτουργούν ταβέρνες και καταλύματα.
ΒΑ των Λειψών βρίσκονται τρεις βραχονησίδες. Οι πρώτες συγκροτούν ζεύγος αποτελούμενο από το Μακρύ και το Μικρό Ασπρονήσι, ενώ 1 ν.μ. προς Β βρίσκεται το Μεγάλο Ασπρονήσι. Αμφοτέρων η ονομασία οφείλεται στους χρωματισμούς των ασβεστολιθικών βράχων τους και στους μικρούς βοτσαλωτούς όρμους τους.
Στα ανοιχτά του όρμου της Χοχλακούρας βρίσκονται οι βραχονησίδες Πάπλωμα και Κουλούρα, σ’ έναν θαλάσσιο βιότοπο που συγκεντρώνει μεσογειακές φώκιες.
Ουκ ολίγες βραχονησίδες υπάρχουν και στα ανοιχτά του λιμανιού των Λειψών σε Ν κατεύθυνση: το Μακρονήσι, το Πιάτο, η Ψωμού, νοτιότερα το Καπαρονήσι και το Πιλάβι και λίγο ανατολικότερα το Σταυρί. Είναι όλες τους βραχώδεις, με απότομες ακτές. Οι σπηλαιώδεις σχηματισμοί που δημιουργούν οι βράχοι στο Μακρονήσι, είναι εκπληκτικής ομορφιάς.
Τέλος, απέναντι από το βόρειο τμήμα του κεντρικού νησιού -και συγκεκριμένα στ’ ανοιχτά του όρμου του Αγίου Αντωνίου-, βρίσκεται η νησίδα Ρεφούλια και οι 5 μικρές βραχονησίδες του Μανώλη, όλες τους αλίμενες.