Οι μικροί υγροβιότοποι, οι αλμυρόβαλτοι και οι αμμοθίνες της Νάξου είναι καταφύγιο για πουλιά, ψάρια και ερπετά. Ο σημαντικότερος υγρότοπός της είναι της Αλυκής που περιλαμβάνει μια μεγάλη λίμνη νοτιοδυτικά του αεροδιάδρομου του αεροδρομίου. Είναι η μεγαλύτερη αλυκή των Κυκλάδων και διατηρεί αρκετό νερό. Η βλάστηση περιλαμβάνει καλαμιώνες, υδρόβια φυτά και συστάδες με κέδρους. Εχουν παρατηρηθεί 166 είδη πουλιών και περιλαμβάνεται στον κατάλογο με τις προστατευόμενες περιοχές του δικτύου NATURA 2000.
Τέσσερις υγρότοποι του νησιού περιλήφθηκαν στον κατάλογο των μικρών νησιωτικών υγροτόπων έκτασης έως 80 στρέμματα, του Υπουργείου Περιβάλλοντος. Σύμφωνα με Προεδρικό Διάταγμα από το 2012 το έλος στο Πυργάκι, η εκβολή των πηγών της Σκουληκαριάς στον Αμμίτη, το έλος της Αγιασσού και το έλος του Καλαντού εντάχθηκαν στον κατάλογο με τους 380 μικρούς υγρότοπους και τέθηκαν υπό προστασία.